1、疫病
病果茎部有水浸状的暗绿色斑，潮湿时有白色霉菌状，病部呈褐色，腐烂脱落，干燥后呈褐色僵直果。染病部位以上的叶子自下而上逐渐枯萎死亡，扩散成黑褐色条纹，病部容易收缩，植株折断倒下。疫病防治方法：72%克加倍液、69%锰锌倍液、64%杀*明矾倍液、7-10天一次，连续喷3次。
2、炭疽病
主要危害基本成熟的辣椒果实，染病果实首先出现湿润状、褐色椭圆形或不规则形的病斑，稍凹，斑面出现明显的环纹状橙红色小粒点，然后变为黑色小点，这就是病菌的分生孢子盘。一潮湿就会溢出淡粉色粒状粘稠的东西，这是病菌的分生孢子团。干燥后，患部干燥变薄成纸状，容易破裂。炭疽病防治方法：预防使用50%锰锌锰锌，发病初期使用70%甲基噻吩、25%氯菊酯、32.5%苯甲基苯醚、75%肟酯硫醇等。
3、黑斑病
发病初期果实表面病斑呈淡褐色，稍凹陷，后期发生黑色霉菌层。病菌扩散到果实内部，种子变成褐色变黑，不能使用。黑斑病防治方法：发病初期可使用72%甲基强的松龙或3%甲基强的松龙的恶霉灵。
4、脐腐病
辣椒脐腐病是一种生理病害。果实顶部(脐部)呈水浸状，病部呈暗绿色或深灰色，随病情发展很快呈暗褐色，果肉脱水，顶部凹陷，一般不腐烂，但空气潮湿多由某些真菌腐烂产生。脐腐病防治方法：可喷洒1%过磷酸钙溶液或0.1%氯化钙溶液。